رابطه امیر قلعه‌نویی با امیررضا واعظی آشتیانی اصلا خوب نبود و همین ماجرا موجب شد اواخر اردیبهشت ۱۳۸۸ با وجودی که استقلال را قهرمان لیگ هشتم کرده بود، از این تیم برود. البته جنگ لفظی طرفین در تابستان و پاییز آن سال حسابی برای رسانه‌ها سوژه شده بود.
در همین راستا امیر قلعه‌نویی که در آن مقطع هدایت سپاهان را بر عهده داشت، ۲۸ مهر ۱۳۸۸ پس از اینکه باشگاه استقلال بیانیه‌ای صادر کرده و به او کنایه زده بود، پیرامون آن خطاب به خبرورزشی گفت:
صدور بیانیه کار آقایان است ولی باید بگویم مردم دروغگوها را می‌شناسند و گرگ‌ها را هم همین‌طور. این افراد دروغگویانی هستند که می‌خواهند امیر قلعه‌نویی را خراب کنند ولی بدانند جایگاه من در قلب هواداران استقلال است و به همین سادگی کسب نشده. من با بیانیه این آقایان امیر قلعه‌نویی نشده‌ام با این بیانیه‌ها نیز خراب نمی‌شوم.
سرمربی کنونی تیم ملی در ادامه گفت‌وگوی اختصاصی خود با ما به نکات دیگری هم اشاره کرد و گفت: این روزها که سپاهان روی نوار نتیجه‌گیری افتاده، برخی افراد می‌خواهند تیم ما را به حاشیه ببرند چون دوست ندارند من موفق شوم اما بدانند که تیرشان به سنگ می‌خورد چون عزت و ذلت دست خداوند است. البته این را هم بگویم افرادی که این روزها بیانیه صادر می‌کنند، هیچ ارتباطی به هویت استقلال ندارند بلکه می‌خواهند این باشگاه بزرگ را نابود کنند.
بیشتر بخوانید: خبرورزشی‌گردی| من بخیل نیستم، استقلال پول بدهد و کارلوس کیروش را بیاورد/ برای علی پروین کری نمی‌خوانم
