فرزند مرحوم آیت الله العظمی سلطانی طباطبایی و برادر همسر مرحوم حجت الاسلام و المسلمین حاج سید احمد خمینی بود، پس از طی دوره ای بیماری صبح امروز دار فانی را وداع گفت.
مرتضی طباطبایی همسر خانم فرشته اعرابی نوه امام راحل بود.
مرحوم طباطبایی که در دهه های گذشته مدتی شهردار تهران بود، در سال ۱۳۵۹ نیز با حکم مرحوم آیت الله مهدوی کنی ابتدا به عنوان فرماندار مشهد و سپس قائم‌مقام وزیر کشور در انجمن شهر تهران ایفای مسئولیت کرد.
