آخرین نشست هیات مدیره استقلال با حضور اسماعیل خلیل‌زاده در اواسط اردیبهشت ماه برگزار شد اما بعد از آن، رییس هیات مدیره این باشگاه به دلیل برخی مسائل از سوی مراجع قضایی بازداشت شد. بعد از این اتفاق، جلسه‌ای رسمی میان مدیران باشگاه تشکیل نشده و همه در انتظار تصمیم وزیر ورزش و جوانان برای تعیین تکلیف هیات مدیره هستند.

یکی از مشکلات وزارت ورزش برای تغییرات در هیات مدیره استقلال و پرسپولیس این است که تصمیم بر خصوصی سازی دو باشگاه دارند. البته این موضوع خلاف وعده‌های قبلی که قرار بود پیش از سال 99 به پایان برسد، تا امروز اجرایی نشده و دچار ابهامات و شائبه های بسیاری شده است. به همین دلیل، با توجه به ثبت اعضای هیات مدیره در شرکت‌ها نمی‌توانند تغییراتی را در این باشگاه‌ها ایجاد کنند تا این روند به نقطه ای مشخص برسد.

از سوی دیگر، برگزاری جلسات هیات مدیره استقلال و حل مشکلات مالی و دریافت و پرداخت‌ها نیازمند امضای رییس هیات مدیره پای چک‌ها است. در غیاب او، مسئولان این باشگاه نمی‌توانند کاری پیش ببرند؛ مگر اینکه وزیر ورزش و جوانان فردی جدید را برای پیگیری مالی و امضا پای چک‌ها معرفی کند که این هم روندی زمانبر است.

البته وزارت ورزش و جوانان بعد از مشکلاتی که برای اسماعیل خلیل‌‌ زاده به وجود آمده، سکوت کرده و واکنشی رسمی به این موضوع نداشته و منفعلانه در حال دیدن ماجراهاست.با این شرایط پیچیده کنونی، روی سیستم مالی و امور مدیریتی استقلال قفلی محکم خورده که آن را دچار چالش‌هایی جدی کرده است. پرداخت نشدن مطالبات بازیکنی مثل دیاباته، مذاکره نکردن با بازیکنان برای فصل آینده و تمدید قرارداد، برکناری رییس آکادمی که با پیشنهاد هیات مدیره صورت گرفته و ... همگی به دلیل روشن نبودن وضعیت ریاست هیات مدیره به حالت توقف درآمده و باید دید چه راهکاری برای این مشکل در نظر گرفته خواهد شد.