در این سال‌ها کدورت بین داوری‌اردکانی و دکتر شریعتی معروف بوده و خیلی‌ها بارها به آن اشاره کرده‌اند. درباره این کدورت نوشته است: «یک‌بار که به همت مرد گران‌مایه فرهنگ ایران ایرج افشار کنفرانس ایران‌شناسی در دانشگاه مشهد برگزار شده بود، بعد از سال‌ها دیدار دکتر شریعتی نصیب شد. مشغول سخن گفتن درباره شعر حافظ بودم که دیدم شریعتی از در درآمد. خوشحال شدم و سخن را کوتاه کردم و رفتم کنارش نشستم و پرسیدم چه عجب که در این مجلس حاضر شده است. گفت برویم بیرون با هم حرف می‌زنیم. رفتیم ساعت‌ها با هم حرف زدیم و او حرف‌های خوب زد. آنجا خواستم تکدر خاطری را که احتمال می‌دادم از من داشته باشد رفع کنم اما حاضر نشد چیزی در آن باب بشنود. قضیه این بود که انتشارات نیل دفتری به نام نقد کتاب چاپ می‌کرد. این دفتر به همت غلامحسین ساعدی چاپ می‌شد و من هم در آن مقاله و بیشتر نقد کتاب می‌نوشتم و یک‌بار هم درباره کتاب فی‌النقد و الادب که دکتر شریعتی آن را در جوانی ترجمه کرده بود، چیزی نوشتم تا بیشتر یادی از دوست کرده باشم. در آن یادداشت نوشته بودم که مقدمه دکتر شریعی از متن عربی بهتر است. ناشر هم عنوان یادداشت را گذاشته بود «حیف مقدمه برای متن». ظاهرا به دکتر شریعتی گفته بودند کتاب را فلان نشریه نقد کرده و او پاسخ تندی خطاب به ناشر نوشت. بالاخره چنان‌که گمان می‌کنم و شنیدم وقتی نوشته را دیده بود دریافته بود که به او گزارش درستی نداده‌اند. در ملاقاتمان می‌خواستم توضیح بدهم که قضیه چه بوده است. او راضی نشد و نخواست از اختلاف و سوءتفاهم حرفی زده شود.»