کریم باقری در شرایطی در جریان بازی با پیکان به لک تذکر داد و در پایان بازی در جشن قهرمانی سرخپوشان شرکت نکرد که خبر رسید دلیل این موضوع ناراحتیاش از رفتار دروازه بان سرخها بوده است.
هر چند باقری در مصاحبهای که با سایت این باشگاه داشت اعلام کرد از کسی دلخوری ندارد ولی به نظر می رسد که این اتفاق صحت دارد.
نکته ای که در خصوص ناراحتی باقری وجود دارد این است که در سالهای گذشته هر بازیکنی که به نوعی با باقری درگیر میشد از پرسپولیس می رفت و حالا این موضوع درباره لک عنوان شده که پرسپولیسیها دیگر تمایلی به ادامه همکاری با او ندارند.
در اواخر لیگ چهاردهم پیام صادقیان در بازی با سایپا به کادر فنی پرسپولیس اعتراض کرد که با واکنش باقری رو به رو شد و صادقیان هم در پایان فصل پرسپولیس را ترک کرد.
جدایی که باعث افت شدید او در تیم های دیگر شد و پیام دیگر نتوانست به آن ستاره سابق قرمزها تبدیل شود.
یکی دیگر از بازیکنانی که توسط باقری توبیخ شد، رامین رضاییان بود. او پیش از بازی حساس سرخپوشان برابر الوحده امارات در هفته دوم لیگ قهرمانان آسیا ۲۰۱۶ با علی علیپور مهاجم سابق پرسپولیس درگیر شد که این موضوع با واکنش باقری مواجه شد و او این دعوا را به برانکو گزارش کرد و برانکو هم هر دو را اخراج کرد.
البته از دو بازیکن خواسته شد که عذرخواهی کنند ولی رضاییان عذرخواهی نکرد و برانکو هم کوتاه نیامد که این موضوع منجر به جدایی رامین از پرسپولیس شد.
