مسئولان باشگاه پرسپولیس می‌گویند باقری با کمترین مبلغ و رضایت کامل قرارداد خود را برای دو سال تمدید کرد. به همین دلیل ما به پاس قدردانی از او می‌خواستیم قراردادش را رسانه‌ای کنیم تا الگویی شود برای دیگران اما خودش با این مسئله مخالفت کرد. البته باقری با مسئولان پرسپولیس صحبت کرده که اجازه بدهند در اردوهای تیم ملی هم حضور داشته باشد.
به طور مثال تیم ملی ۱۱ شهریور با سوریه بازی دارد و به درخواست اسکوچیچ آقا کریم به اردوی تیم ملی می‌رود اما در بازی ۲۳ شهریور پرسپولیس و استقلال تاجیکستان در کنار تیم باشگاهی خود خواهد بود. ختم کلام این که کریم باقری با باشگاه پرسپولیس تعامل کامل دارد و به همین دلیل جعفر سمیعی هم با حضور این مربی در تیم ملی ایران موافقت کرد.
