در حدود سال‌های ۱۹۹۳ تا ۱۹۹۴ میلادی و در جریان جنگ‌های داخلی افغانستان، زمزمه تشکیل گروهی متشکل از طلبه‌های دینی در مدارس تحت حمایت عربستان در پاکستان شنیده شد. این گروه نام تحریک اسلامی طلبا (جنبش اسلامی طالبان) بر خود گذاشت و با شعار "اجرای شریعت اسلامی" و مقابله با آنچه شر و فساد در افغانستان می‌خواند از مرز جنوبی به افغانستان رخنه کرد و به سرعت شهر‌ها و ولایت‌های مختلف را درنوردید.
در میانه آن دهه، یعنی در سال ۱۹۹۵، طالبان به بزرگترین پیروزی خود تا آن زمان دست یافت و موفق شد ولایت استراتژیک هرات در مرز ایران و ترکمنستان را اشغال کند.
یک سال بعد در ۱۹۹۶، آن‌ها موفق شدند پایتخت، کابل، را اشغال کنند. برهان الدین ربانی، رئیس وقت دولت مجاهدین، با سقوط کابل، مقر دولتش را به مزارشریف منتقل کرد که آنجا هم اندکی بعد سقوط کرد.
یکی از اولین کار‌هایی که طالبان در پایتخت انجام دادند، کشتن محمد نجیب الله، آخرین رئیس جمهور رژیم تحت حمایت شوروی بود که به دفتر سازمان ملل متحد پناهنده شده بود.

طالبان در مناطق تحت کنترل خود، نسخه سختگیرانه‌ای از شریعت اسلامی را پیاده کرد. زن‌ها اجازه کار و آموزش یا بیرون رفتن از خانه بدون همراهی یک عضو مرد خانواده نداشتند. مردان باید لباس محلی می‌پوشیدند و ریش انبوه می‌گذاشتند و موهای‌شان را کوتاه می‌کردند. تلویزیون، سینما، تئاتر، موسیقی و عکاسی ممنوع بود. تقویم افغانستان از هجری خورشیدی به هجری قمری تغییر کرده بود، و مجازات‌های خشنی مانند قطع دست و سنگسار انجام می‌شد.
در سال ۱۹۹۸ و در پی بمبگذاری شبکه القاعده در دو سفارت آمریکا در شرق آفریقا، بیل کلینتون رئیس جمهور وقت ایالات متحده دستور داد کمپ‌های آموزشی القاعده در ولایت خوست افغانستان هدف حمله هوایی قرار گیرد؛ حمله‌ای که آسیبی به اسامه بن لادن و دیگر رهبران القاعده نرساند.
در سال ۲۰۰۰، فشار‌های ایالات متحده به طالبان برای تحویل دادن رهبران القاعده شدت یافت و سازمان ملل متحده این گروه را تحریم کرد.
در اوایل سال ۲۰۰۱، طالبان دو پیکره تاریخی بودا در بامیان را منفجر کرد.
در سپتامبر ۲۰۰۱، دو عضو گروه القاعده، متحد طالبان، احمدشاه مسعود، فرمانده ارشد ائتلاف شمال را در ولایت تخار ترور کردند؛ واقعه که به شدت باعث کاهش روحیه نیرو‌های مخالف طالبان شد.
در ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱، ورق به زیان طالبان برگشت. القاعده که طالبان به رهبرانش پناه داده بود و حاضر به تحویل دادن آن‌ها نبود، با هواپیما‌های مسافربری ربوده شده، به اهدافی در نیویورک و واشنگتن حمله کرد و هزاران نفر را کشت.
یک ماه طول نکشید که آمریکا در راس ائتلافی از کشور‌های متحدش، به طالبان حمله کرد و تا هفته اول دسامبر ۲۰۰۱، این گروه از قدرت ساقط شد.
با وجود عملیات گسترده جستجو، آمریکا و متحدانش موفق به دستگیری رهبران عمده گروه طالبان، از جمله ملا محمدعمر نشدند و آن‌ها بر اساس گزارش‌ها به کویته پاکستان گریختند و از آنجا به هدایت گروه طالبان ادامه دادند.
در طول سال‌های بعد، و بیشتر بعد از ۲۰۰۶، حملات و بمب‌گذاری‌های طالبان بیشتر و پیچیده‌تر شد و کمتر جایی در افغانستان از گزند این حملات در امان ماند، حتی ارگ ریاست جمهوری، وزارت خانه‌ها و مقر نیرو‌های ناتو در افغانستان هم هدف حمله طالبان قرار گرفت.
کار به جایی رسید که آمریکا که می‌گفت با هدف حذف طالبان و حمایت و تقویت دموکراسی به افغانستان آمده، پذیرفت با این گروه سر میز مذاکره بنشیند و سرانجام در ۲۹ (فوریه) ۲۰۲۰، توافق صلح طالبان و آمریکا بر مبنای خروج نیرو‌های خارجی از افغانستان و رفتن به طرف مذاکرات بین الافغانی امضاء شد.
شروط عمده‌ای که آمریکا در این توافق بر آن تاکید داشت، فاصله گرفتن طالبان از گروه‌های مانند داعش و القاعده و تهدید نکردن منافع آمریکا بود؛ دیگر موارد، از جمله نوع نظام افغانستان، سرنوشت ارتش و نهاد‌های انتخابی، قانون اساسی و حقوق و آزادی‌های مردم این کشور، به مذاکرات بین الافغانی موکول شد که اکنون در قطر آغاز می‌شود.