روحانی در کانال تلگرامی نوشت:
من در پی فردی بودم که در دوره دولت جدید بتواند با اقتدار و هماهنگی با دولت، دبیر شورای عالی امنیت ملی باشد. پیشنهاد اولیه من آقای ناطق‌نوری بود و پس از امتناع ایشان (که علتش را توضیح می‌دهم) آقای محمد فروزنده هم این مقام را قبول نکردند.
در نهایت آقای علی شمخانی را پیشنهاد کردم که البته در ابتدا رهبری قبول نمی‌کردند اما با اصرار من – که فکر می‌کنم نادرست بود – در نهایت پذیرفتند هرچند که پشیمان هم شدم اما دیگر راه بازگشت مناسبی وجود نداشت. اگر افرادی مانند آقای ناطق‌نوری و محمد فروزنده پیشنهاد مرا قبول می‌کردند شاید من هم پرونده را به وزارت امور خارجه منتقل نمی‌کردم.
در نهایت رهبری با شرط اینکه من خودم به عنوان رئیس شورای عالی امنیت ملی مسئول پرونده هسته‌ای باشم انتقال پرونده به وزارت خارجه را قبول کردند و این به نظرم کار مهم و موفقیت بزرگی بود چنان که در دولت سیزدهم هم جای پرونده تغییر نکرد و در وزارت خارجه باقی ماند.
