به گزارش ورزش سه، جلالی در خصوص استعفای خود از این سمت گفت: «روزی که آمدم وظایف خودم را نوشتم و فدراسیون فوتبال هم موافقت کرد اما وقتی پیش رفتیم دیدم نظام تشکیلاتی فدراسیون فوتبال اجازه کار نمی‌دهد.
بنابراین از همه پست‌هایی که در فدراسیون فوتبال داشتم استعفا می‌دهم. وقتی آمدم نیتم این بود که خدمت کنم اما بعد از ۱۵ ماه دیدم نمی‌توام مؤثر باشم. من از تاج ممنونم و کمک کردند اما نظام تشکیلاتی فدراسیون فوتبال اجازه کار نمی‌دهد.»
جلالی در شرایطی فدراسیون فوتبال ایران را ترک می‌کند که وضعیت تیم‌های پایه فوتبال ایران، به هیچ عنوان خوب نیست و هیچ‌کدام از سه تیم نوجوانان، جوانان و امید ایران سرمربی قطعی ندارند. جدایی جلالی از فدراسیون فوتبال، بار دیگر نشان داد که تصمیمات کلان فدراسیون، نه توسط افراد فوتبالی و فنی بلکه توسط مدیران اتخاذ می‌شود. نکته جالب دیگر در خصوص پایان زودهنگام همکاری جلالی با فدراسیون فوتبال، ناتمام ماندن برنامه مجید جلالی برای پیشرفت فوتبال ایران موسوم به برنامه ۱۴۱۴ است؛ برنامه‌ای که مجید جلالی آن را در چندین مصاحبه تلویزیونی ارائه داده بود و روی کاغذ و در تئوری، جذاب به نظر می‌رسید اما هرکس که کوچکترین آشنایی با شرایط فوتبال ایران و مدیریت در فوتبال کشور داشت، می‌دانست که برنامه جلالی در فوتبال ایران اجرایی نخواهد شد.
این در حالی است که فدراسیون فوتبال در روز ۱۹ اسفند ۱۴۰۳، از انتخاب شدن این برنامه تصویب‌نشده به‌عنوان رتبه برتر همایش ملی ورزش، تجارت و کسب و کارهای نوین خبر داده بود. دستاوردی که فدراسیون فوتبال در سایت خود، به طور جدی از آن استقبال کرد اما این دستاورد بالقوه، هیچ‌گاه به یک دستاورد واقعی تبدیل نشد و حالا پس از دو ماه، دوران حضور جلالی در فدراسیون فوتبال ایران به پایان رسیده است.
