یکی از مواردی که در دولت‌های مختلف همواره مورد انتقاد قوای سه‌‌‌‌‌‌گانه و حتی روسای‌جمهور بوده، طولانی‌شدن روند ترخیص‌کالاهای وارداتی از گمرکات و رسوب این کالاها در اماکن گمرکی، انبارهای عمومی یا خصوصی یا محوطه‌‌‌‌‌‌های بندری بوده‌است؛ مشکلی که خود را در حادثه انفجار در بندر شهیدرجایی عیان کرد و کالاهای بسیاری به دلیل رسوب در بنادر در آتش سوخت.
اهم موارد قانونی و مقرراتی که بیشترین زمان ترخیص را به خود اختصاص می‌دهد به شرح ذیل است:
۱. ضوابط و مقررات پیچیده و غیرضرور و لزوم مقررات‌‌‌‌‌‌زدایی.
۲. نحوه تخصیص ارز توسط بانک‌مرکزی.
۳. فرآیند طولانی اخذ مجوز از سازمان‌های مجوزدهنده از جمله(استاندارد، انرژی اتمی، بهداشت، قرنطینه دامی و گیاهی، دامپزشکی و محیط‌زیست).
۴. اصلاحیه ماده۵ آیین‌نامه اجرایی قانون مقررات صادرات و واردات مبنی‌بر لزوم اخذ ثبت‌سفارش و ثبت آماری قبل از تخلیه کالا در اماکن گمرکی یا مناطق آزاد و ویژه باعث رسوب دائمی کالا در گمرک می‌شود.
۵. زمانبر‌بودن اصلاح و ویرایش ثبت‌سفارش در سامانه جامع تجارت.
۶. تغییرات ماخذ و مبنای محاسبه دریافت حقوق ورودی و مالیات و عوارض ارزش‌افزوده.
۷. عدم‌امکان اظهار کالا برای ثبت‌‌‌‌‌‌سفارش‌‌‌‌‌‌هایی که از سوی بانک‌مرکزی تخصیص ارز ندارند.
۸. مصوباتی که تخلیه کالا را در اماکن گمرکی بدون ثبت‌سفارش ممنوع می‌کند.
۹. اجرای قانون مبارزه با قاچاق‌کالا و ارز در حوزه تبصره۳ ماده۷، بند«ز» ماده‌یک و بند«پ» ماده۲ این قانون.
۱۰. تاخیر در اظهار کالاهای وارداتی از سوی صاحبان‌کالا به دلیل عدم‌صدور مجوزها.
این گزارش می‌افزاید؛ با توجه به وضعیت پیش‌‌‌‌‌‌گفته، اهم اقدامات گمرک در حوزه اختیارات خود برای جلوگیری از ماندگاری کالا در گمرکات کشور به شرح زیر است:
دریافت ضمانت‌نامه بانکی بابت حقوق ورودی و مالیات و عوارض ارزش‌افزوده؛ ترخیص‌کالاهای اساسی با حداقل اسناد؛ ترخیص اعتباری برای کالاها و اقلام اضطراری؛ ترخیص ۹۰درصدی بر اساس فهرست تعرفه‌های مشخص‌شده توسط مراجع ذی‌ربط؛ ترخیص نسیه کالاهای وارداتی برای حل مشکل نقدینگی واردکنندگان؛ استفاده از ظرفیت حمل یکسره برای تسریع در ترخیص‌کالا و جلوگیری از توقف کالا در گمرکات؛ ترخیص لوازم یدکی ماشین‌آلات خط‌تولید با استفاده از تسهیلات بند‌یک ماده۳۸ آیین‌نامه اجرایی قانون مقررات صادرات و واردات؛ افزایش کارشناسان گمرکات اجرایی جهت تسریع در ترخیص‌کالا؛ ترخیص موارد فوری با استفاده از ظرفیت ماده۴۲ قانون امور گمرکی؛ افزایش شیفت‌‌‌‌‌‌های کاری برای ترخیص ۲۴ ساعته کالاهای اساسی و ضروری؛ تعیین‌تکلیف کالاهای متروکه و تسریع در انجام تشریفات گمرکی مربوطه و اعلام به سازمان جمع‌‌‌‌‌‌آوری و فروش اموال‌تملیکی؛ قرارگرفتن کالاهای اساسی و مواداولیه خط‌تولید در مسیر سبز برای کاهش زمان ترخیص؛ انجام تشریفات ترانزیت داخلی کالاها در سریع‌ترین زمان ممکن پس از درخواست صاحب‌کالا یا مرجع تحویل‌‌‌‌‌‌گیرنده و افزایش تعداد انبارهای اختصاصی برای انتقال سریع کالاهای واحدهای تولیدی به انبارهای اختصاصی آنها.
