یکی از اصلی‌ترین مشکلات، بسته شدن موقت حریم هوایی ایران و برخی کشورهای همسایه بود که در پی حملات موشکی و افزایش سطح هشدار امنیتی رخ داد. این موضوع باعث شد بسیاری از پروازهای خارجی به‌ویژه شرکت‌های بین‌المللی، پروازهای خود به مقصد یا از مبدأ ایران را لغو یا معلق کنند. همزمان، شرکت‌های هواپیمایی داخلی نیز با کاهش شدید ظرفیت، اختلال در برنامه‌ریزی پروازها و عدم امکان تردد در برخی مسیرهای پرتردد مواجه شدند.
در این وضعیت، هزاران مسافر ایرانی که در خارج از کشور حضور داشتند، گرفتار بلاتکلیفی شدند. نبود پروازهای جایگزین، قیمت‌گذاری لحظه‌ای و صعودی بلیت‌ها، و نبود اطلاع‌رسانی دقیق از سوی برخی ایرلاین‌ها، به سردرگمی بیشتر انجامید. افزون بر این، محدودیت سوخت‌گیری برخی ایرلاین‌های ایرانی در فرودگاه‌های خارجی و نبود ناوگان مجهز برای پروازهای بلندمدت، وابستگی صنعت هوایی کشور به زیرساخت‌های خارجی را بار دیگر برجسته کرد.
در چنین شرایطی، برخی مسیرهای جایگزین مانند حمل‌ونقل دریایی بین ایران و امارات، به‌طور موقت بار مسافری را تا حدی جبران کردند، اما به هیچ وجه توانایی پاسخگویی به همه تقاضا را نداشتند. این بحران نشان داد که صنعت هوایی ایران نیازمند نوسازی ناوگان، سرمایه‌گذاری در زیرساخت‌های هوایی، تنوع‌بخشی به مسیرهای پروازی و همچنین طراحی برنامه‌های اضطراری برای مواقع بحران امنیتی است.
به‌طور کلی، جنگ ۱۲ روزه نه‌تنها یک بحران امنیتی بود، بلکه آزمایشی واقعی برای ظرفیت لجستیکی و حمل‌ونقل کشور نیز به‌شمار آمد؛ آزمونی که نتایج آن لزوم بازنگری جدی در سیاست‌های هوایی کشور را یادآور می‌شود.
مدیرعامل شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران از ارائه خدمات به حدود ۵۰۰ پرواز اعم از پروازهای عبوری، پروازهای داخلی و خارجی خبر داد.
محمد امیرانی مدیرعامل شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران اظهار کرد: خوشبختانه شمار پروازها رو به افزایش است و ۱۶ تیرماه حدود ۵۰۰ پرواز اعم از پروازهای عبوری، پروازهای داخلی و خارجی از شرکت فرودگاه‌ها خدمات گرفته‌اند.
وی افزود: متخصصان متعهد شرکت فرودگاه‌ها به‌سرعت و در کمترین زمان ممکن، نقاط آسیب‌دیده در فرودگاه‌های کشور را عملیاتی کردند.
وی یادآور شد: بخش شرقی کشور کاملاً باز است و در بخش غربی نیز از ساعت ۵ صبح تا ۱۸ پروازها با ایمنی کامل برقرار است.
امیرانی تاکید کرد: سامانه‌های راداری، ناوبری و نظارتی کشور در وضع عملیاتی و آماده برای هدایت ایمن پروازها هستند.
