موضوع تأمین مالی و نحوه پرداخت آورده‌ها از دیگر نگرانی‌های جدی متقاضیان نهضت ملی مسکن است. برخی از افراد از افزایش چندباره مبلغ آورده نقدی گلایه دارند، چرا که این تغییرات، بدون تناسب با درآمد خانوارها و شرایط اقتصادی کشور انجام می‌شود. در بسیاری از موارد، متقاضیان که با امید خانه‌دار شدن وارد طرح شده‌اند، حالا با بدهی‌های سنگین و اقساط سنگین بانکی مواجهند. همچنین، ابهام در نحوه پرداخت وام‌های بانکی، سود تسهیلات و تاخیر در تخصیص آن‌ها، موجب بی‌اعتمادی و نگرانی بیشتر شده است.
از سوی دیگر، کمبود زمین مناسب برای اجرای طرح در شهرهای بزرگ، به چالشی جدی برای دولت تبدیل شده است. در کلان‌شهرهایی مانند تهران، کرج و اصفهان، بسیاری از پروژه‌ها به دلیل نبود زمین در بافت‌های شهری و حاشیه‌ای متوقف یا به مناطق دور از مرکز منتقل شده‌اند؛ مساله‌ای که باعث نارضایتی متقاضیان و دشواری در آینده سکونت شده است.
یکی دیگر از دغدغه‌های مهم مردم، کیفیت ساخت و نبود زیرساخت‌های خدماتی در پروژه‌های مسکن ملی است. گزارش‌های میدانی از برخی پروژه‌ها نشان می‌دهد که در ساخت‌وسازها از مصالح ارزان یا غیراستاندارد استفاده شده و حتی برخی از واحدها فاقد امکانات اولیه مانند آب، برق یا گاز هستند. نبود راه‌های دسترسی مناسب، مدارس، مراکز درمانی و حمل‌ونقل عمومی نیز باعث شده نگرانی از شکل‌گیری «شهرک‌های نیمه‌جان» افزایش یابد.
از منظر حقوقی نیز، نبود شفافیت در قراردادها و تعهدات دوطرفه بین متقاضی و دستگاه اجرایی، یکی دیگر از نقاط ضعف این طرح به شمار می‌آید. برخی از متقاضیان نمی‌دانند در صورت انصراف یا تأخیر در تحویل واحد، چه حقوقی دارند و چگونه می‌توانند مطالبات خود را پیگیری کنند.
در کنار همه این مسائل، افزایش شدید قیمت مصالح ساختمانی و دستمزد کارگران در سال‌های اخیر، هزینه نهایی هر واحد را چندین برابر کرده و دولت را در ایفای تعهدات خود با چالش جدی مواجه ساخته است. این موضوع باعث شده بسیاری از پروژه‌ها نیمه‌تمام رها شوند یا با تاخیرهای طولانی مواجه گردند.
در نهایت، می‌توان گفت که طرح نهضت ملی مسکن، اگرچه در آغاز با هدف خانه‌دار کردن اقشار کم‌درآمد و متوسط جامعه طراحی شد، اما امروز با چالش‌های متعددی از جنس مالی، فنی، حقوقی و مدیریتی روبه‌روست. تا زمانی که برنامه‌ریزی دقیق، نظارت شفاف و هماهنگی میان دستگاه‌های مختلف وجود نداشته باشد، این طرح عظیم ملی ممکن است از هدف اصلی خود فاصله بگیرد و به نمادی از وعده‌های بر زمین‌مانده در بخش مسکن تبدیل شود.
معاون وزیر راه با بیان اینکه منعی برای انصراف از نهضت ملی مسکن وجود ندارد، گفت: وجوه پرداختی فورا بازگردانده می‌شود.هدف ما جلوگیری از خروج اقشار کم‌درآمد است.
حبیب‌الله طاهرخانی، معاون مسکن و ساختمان وزیر راه و شهرسازی در رابطه با موضوع انصراف برخی از متقاضیان نهضت ملی مسکن، اظهار کرد: انصراف از طرح نهضت ملی مسکن قاعدتاً امکان‌پذیر است و منعی در این خصوص وجود ندارد.
وی با بیان اینکه شرایط افراد کاملاً متفاوت است، افزود: به عنوان مثال، از لحاظ اقتصادی، تلاش ما این است که اقشار کم‌درآمد جامعه مخاطب، یعنی دهک‌های یک تا ۴ را حتماً حمایت کنیم تا به دلیل عدم توان مالی انصراف ندهند.
وی ادامه داد: اما سایر اقشار اجتماعی که دهک‌های بالاتری هستند و اولویت‌های سرمایه‌گذاری این افراد تغییر کرده، اگر انصراف دهند، متولیان موظف هستند که مبالغ پرداختی‌شان را هر چه سریع‌تر بازگردانند.
وی بیان کرد: برای این کار، دستورالعمل انصراف وجود دارد که به ادارات کل و شهرهای جدید ابلاغ شده است. کسانی که انصراف می‌دهند، موظف هستند مبالغ پرداختی‌شان را در اسرع وقت بازگردانند.
وی در پاسخ به این پرسش که تاکنون چه تعداد از متقاضیان نهضت ملی مسکن از این طرح انصراف داده‌اند، گفت: در این ۸۰۰ و خرده هزار نفر متقاضی، قطعاً انصراف رخ می‌دهد، زیرا افراد ناگهان با مشکلات مالی روبرو می‌شوند. یا اینکه به حوزه‌های خاصی برای سرمایه‌گذاری مراجعه می‌کنند.
معاون وزیر راه و شهرسازی اضافه کرد: پیش‌تر، انصراف‌دهندگان بیشتر اقشار کم‌درآمدها بودند. با تدابیری که اندیشیده‌ایم، این موارد بسیار کمتر شده است، زیرا امکانات زیادی برای جایگزینی‌شان فراهم کردیم. امیدواریم انصراف‌ها بسیار کم شود، مگر اینکه افراد با مشکل مالی یا سایر زمینه‌ها جزو آن‌ها قرار گیرند.
