پرسپولیس لیگ دوازدهم حرفه‌ای را با مانوئل ژوزه پرتغالی استارت زد اما با او به بن‌بست خورد و به همین خاطر در میانه‌های راه یحیی گل‌محمدی هدایت این تیم را بر عهده گرفت و از اوایل زمستان ۱۳۹۱ مرد اول نیمکت سرخ‌پوشان شد. اتفاقی که خیلی‌ها در آن زمان معتقد بودند برای یحیی زود به وقوع پیوسته و شاید حالا پس از گذشته بالغ بر یک دهه خودش هم چنین نظری داشته باشد.
گل‌محمدی در لیگ دوازدهم با پرسپولیس موفقیتی کسب نکرد اما در جام حذفی توانست به فینال برسد و خیلی‌ها تصور می‌کردند قهرمان خواهد شد اما شکست در ضربات پنالتی مقابل سپاهان همه چیز را برای سرمربی آن موقع پرسپولیس بر هم زد. در روز شانزدهم اردیبهشت سال ۹۲ به فاصله ۲۴ ساعت پس از ناکامی پرسپولیس برابر سپاهان در فینال جام حذفی، گل‌محمدی از هدایت این تیم کناره‌گیری کرد و همان روز اعلام شد علی دایی همراه با دو گزینه خارجی شانس بسیار زیادی برای نشستن روی نیمکت پرسپولیس دارند. در نهایت این علی دایی بود که به عنوان سرمربی پرسپولیس انتخاب شد.
