در اوایل ۱۶۹۲ که تحت تعقیب قرار دادن جادوگران در دهکده سیلم شروع شد، از هاثورن و قاضی بخش، جاناتان کوروین خواسته شد تا این مورد را بررسی کنند. آن دو در نهایت همراه با مقاماتی از بوستون از جمله معاون فرماندار توماس دانفورث این بررسی را شروع کردند. هاثورن بازپرسی‌های تلخ و زننده‌ای از افراد در آن دوران در زمینه جادوگری انجام داد که بخش‌هایی از آنها در تاریخ ثبت شده است. او بازپرسی‌ها را به گونه‌ای انجام می‌داد تا به هر روشی که بتواند متهم را گناهکار بداند. بیش از هر چیز بازجویی‌های وی از ربکا نرس و بریجت بیشاپ شایان ذکر است:
هاثورن: اگر تو چیزی در آن کتاب ننوشته‌ای پس به من بگو از کی آن کتاب را داشته‌ای؟
بیشاپ: من هیچ انسی با شیطان ندارم.
هاثورن: پس چرا ظاهر تو خلاف این اظهارات است؟
بیشاپ: من بی‌گناهم.
هاثورن: چرا به نظر می‌رسد تو با حرکت دادن بدنت که گویا رنجور است در برابر ما داری جادو می‌کنی.
بیشاپ: من چیزی در این مورد نمی‌دانم. من در ارتباط با سحر و جادو بی‌گناهم و نمی‌دانم جادوگر یعنی چه.
هاثورن: اگر جادوگر نیستی پس چه چیزی می‌دانی؟
بیشاپ: نمی دانم داری از چه حرف می‌زنی.
هاثورن: چطور می‌توانی بفهمی، تو جادوگر نیستی ولی نمی‌دانی جادوگر چه کسی است؟
بیشاپ: من می‌دانم...
در نهایت در دادگاه رسیدگی به اتهامات جادوگران-که هاثورن جزو قضات آن نبود-۱۹ فرد به اتهام سحر و جادوگری محکوم شناخته شده و اعدام شدند. هاثورن در ۱۰ مه ۱۷۱۷ درگذشت.
