وی در سوم ژانویه ۱۸۸۵ در فیلادلفیا به دنیا آمد. پدرش جورج دانتون وایدنر و مادرش النور الکینز وایدنر نام داشت و پدربزرگش کارآفرین برجسته پیتر ای بی وایدنر بود. هری وایدنر در ۱۹۰۷ از کالج هاروارد فارغ‌التحصیل شد. پدرخوانده وی غول بانکداری بریتانیا، چارلز میلز بود.
وایدنر در آوریل ۱۹۱۲ در شربروگ همراه با والدین خود سوار بر تایتانیک عازم نیویورک شد. در واقعه غرق شدن تایتانیک مادر وایدنر و خدمتکارش نجات یافتند؛ اما وایدنر، پدرش و خدمتکاری که همراه آنها بود، جان سپردند. مادر وایدنر در ۱۹۱۵ کتابخانه یادمان هری الکینز وایدنر را به یاد پسرش به هاروارد هدیه کرد. دو ساختمان در مدرسه هیل نیز به وایدنر اختصاص داده شده است.افسانه‌ای در هاروارد شایع است که مادر وایدنر برای آنکه دیگران به سرنوشت پسرش دچار نشوند، در شرط هدیه خود یادگیری شنا برای فارغ‌التحصیلان آینده هاروارد را الزامی کرد. با این حال تست شنای دانشگاه هاروارد در دهه ۱۹۲۰ (که البته بعدا حذف شد) ارتباطی با وایدنر نداشت.
وایدنر خود از اعضای باشگاه گرولیر بود. مجموعه‌دار و فروشنده کتاب جورج سیدنی هلمن پس از مرگ وایدنر درباب وی نوشت: شور و شوق وایدنر به‌عنوان مجموعه‌دار کتاب و شخصیت درخشان وی موجب شد تا وی گنجینه‌هایی از کتاب‌ها به‌دست بیاورد که نمی‌توان آنها را فقط با ثروت وی توضیح داد. اگر او در حادثه تایتانیک از بین نمی‌رفت بی‌تردید کتابخانه وی به یکی از بزرگ‌ترین مجموعه‌های مدرن بدل می‌شد.
