نمونه‌گیری‌های متعدد از آب رود ارس از وجود مواد پرتوزا و فلزات سنگین و سمی در آن خبر می‌دهد. هرچند تاکنون هیچ مقام رسمی و دولتی در این‌باره اظهار نظر نکرده است، اما مطالعات نشان می‌دهد منبع اکثر این مواد آلاینده کشور ارمنستان است. وجود مواد رادیواکتیو و فلزات سمی در آب این رودخانه سبب افزایش ابتلای اهالی استان‌های ساحلی به انواع سرطان‌ها از جمله سرطان معده و مری شده است.

ارس یکی از بزرگترین رودخانه‌های ایران در ناحیه شمال غربی کشور است که در مرز میان ایران، آذربایجان و ارمنستان قرار دارد. بی‌توجهی مسئولان این سه کشور، به خصوص ارمنستان که گمان می‌رود مسبب اصلی آلودگی این رود است، می‌تواند سبب بروز انواع بیماری‌ها شود و سلامت جامعه انسانی در هر سه کشور را با خطرات جدی روبرو کند. پساب‌های صنعتی و رادیواکتیو کشور ارمنستان به علت بی‌توجهی مسئولان این کشور به رود ارس وارد می‌شوند، که همین مسئله سبب مشکلات گسترده شده است.

ازجمله فلزات سمی که رد آن‌ها در آب رودخانه ارس یافت شده است، می‌توان به منگنز، آهن، مس، آلومینیوم و سرب اشاره کرد. باید در نظر داشت که هرچند وجود این عناصر در آب و غذا تا حدود معینی بی‌ضرر و حتی مفید است، افزایش حجم آن‌ها بیماری‌هایی سخت و گاهاً غیرقابل درمان را با خود به دنبال دارد. این آلاینده‌ها می‌توانند مشکلات جدی در سلامتی به‌وجود آورند که ازجمله آن‌ها می‌توان به بیماری‌های کبدی، سرطان روده، معده و مری اشاره کرد.

استان‌های اردیبل، آذربایجان غربی و شرقی متأسفانه بالاترین سطح از خسارات انسانی و زیستی را در اثر این آلودگی تجربه می‌کنند. تاکنون بیشترین میزان آلودگی در ناحیه دشت مغان و اطراف سد «خدا آفرین» اندازه‌گیری شده است. آب این سد تأمین‌کننده آب شرب مصرفی هزاران نفر در استان‌های مذکور است و آلودگی آن خطرات جبران‌ناپذیری با خود به همراه دارد.

این خسارات شامل آلودگی آب آشامیدنی استان‌های مذکور و آلودگی آب بخش کشاورزی است که تأثیر مستقیم بر سلامت افراد، گیاهان و حیوانات دارد. این مسئله که ناشی از عدم وجود قراردادی منظم و دقیق درباره جزئیات پساب‌های واردشده به رود ارس در میان سه کشور ایران، ارمنستان و آذربایجان است، با پیامدهای گسترده و جبران‌ناپذیر خود می‌تواند نوعی خطری بزرگ علیه امنیت ملی کشور ایران باشد.

منتقدان باور دارند پساب‌های نیروگاه «مستامور» ارمنستان با ورود به رود ارس، از دلایل عمده آلودگی این رود با مواد رادیواکتیو است. ازجمله علل دیگر این آلودگی، می‌توان به وجود شهرهای صنعتی کشور ارمنستان در نزدیکی این رود اشاره کرد که آلاینده‌های کارخانه‌ها به‌صورت مستقیم وارد رود ارس می‌شود. بااین‌حال، پیش از این مقامات استان آذربایجان اعلام کرده بودند ورود این مواد رادیواکتیو از این نیروگاه هسته‌ای به رودخانه ارس به علت فاصله زیاد آن غیرممکن است و اگر آلودگی ارس تائید شود، علت آن باید به‌طور دقیق مشخص گردد.

انتظار می‌رود مسئولین سه کشور و سازمان‌های محیط‌ زیست در پیگیری اوضاع، سنجش کیفیت و سلامت آب رودخانه ارس و نظارت دائمی بر هر آنچه وارد رود می‌شود، سریعاً اقدام کنند.