اپل در سال ۲۰۲۰ برای محافظت از امنیت و حریم خصوصی کاربران از ورود تقریبا ۱ میلیون اپلیکیشن خطرناک و آسیب‌رسان به اپ استور جلوگیری کرده است.
اپل در پستی در وب‌سایت خود می‌گوید از این میان ۴۸ هزار اپلیکیشن به خاطر استفاده از قابلیت‌های مخفی حذف شده‌اند. افزون بر این، بیش از ۱۵۰ هزار اپلیکیشن به عنوان اسپم، کپی خالص یا جا زدن خودشان به جای سایر برنامه‌ها یا با کارکردهایی شناسایی شدند که کاربران را از طریق ارائه اطلاعات گمراه‌کننده به خرید ترغیب می‌کردند.
این شرکت همچنین در سال ۲۰۲۰ بیش از ۲۱۵ هزار اپلیکیشن را به این خاطر رد کرد که بیشتر از حد نیاز از کاربر اطلاعات گردآوری می‌کردند یا برخورد درستی با اطلاعات کاربران نداشتند. اپل می‌گوید پارسال حساب کاربری ۴۷۰ هزار توسعه‌دهنده را مسدود کرده و درخواست ثبت نام ۲۰۵ هزار توسعه‌دهنده دیگر را به خاطر نگرانی‌هایی که در زمینه کلاهبرداری وجود داشته، رد کرده است.
کوپرتینویی‌ها مدعی شده‌اند که سیاست‌های اجرایی این شرکت باعث شده اکانت توسعه‌دهندگان کلاهبردار به‌طور متوسط یک ماه پس از ایجاد، از پلتفرم اپل کنار گذاشته شوند: «متاسفانه گاهی اوقات اکانت توسعه‌دهندگان فقط برای کلاهبرداری ساخته می‌شود. اگر نقض قوانین توسط یک توسعه‌دهنده فاحش باشد یا تکرار شود، از «برنامه توسعه‌دهندگان اپل» کنار گذاشته و اکانتش مسدود می‌شود.»
اپل با این سازوکارها علاوه بر جلوگیری از سرقت اطلاعات کارت اعتباری بیش از ۳ میلیون کاربر، از تراکنش‌هایی با مجموع ارزش بیش از ۱.۵ میلیارد دلار هم جلوگیری کرده است. این اطلاعات به فاصله کوتاهی پس از ارائه شواهد در دادگاه به سایت اپل اضافه شد.
مدیران اپل در ایمیلی در سال ۲۰۱۵ که در دادگاه این شرکت با اپیک گیمز به نمایش درآمده، گفته بودند که ۲۵۰۰ بدافزار را که توسط ۱۲۸ میلیون کاربر ۲۰۳ میلیون بار دانلود شده بود، شناسایی کرده‌اند. اپیک گیمز در ماه اوت پارسال از اپل شکایت و این شرکت را به سوءاستفاده از موقعیت خود در بازار به منظور کنترل اپ استور و اعمال سیاست‌های ضدرقابتی متهم کرد. این پرونده هنوز در دست بررسی قرار دارد.
